Depuis des années la Faculté des Sciences de Monastir développe d'importants efforts dans la coopération internationale avec les pays développés et émergents.
Actuellement plusieurs thèses de doctorat sont co-encadrés en cotutelle dans le cadre de la coopération avec les universités suivantes :
Université Claude Bernard Lyon 1
Ecole Centrale de Lyon
INSA de Lyon
INP. Grenoble
Université Bretagne Sud
Université Pierre et Marie Curie
Université Henri Poincaré Nancy 1
Université Paul Sabatier Toulouse 3
Université de Versailles Saint Quentin En Yvelines
Université Paris Sud 11
Université de Bourgogne
Université Blaise Pascal
Université de Rouen
Université Paris 7 Denis Diderot
Université Montpellier II
Université le Havre
Université de Lille
Université Paris Sud XI
Un Projet Tempus a été achevé il y a quelques années sur l’usage de l’enseignement numérique en mathématiques.